从组织、细胞或器官中提取基因组DNA(gDNA)是所有后续DNA分析中尤为重要的第一步。迄今为止,gDNA的定量和定性均需要两种不同的仪器来完成,一种用于定性分析,另一种用于定量分析。
由美国AATI公司研发的Fragment AnalyzerTM系统平台,则可对gDNA同时进行定性定量分析,而且样品需要量少,分析速度快。
2.Fragment AnalyzerTM独有的优势
3.Fragment AnalyzerTM系统应用示例
图1:Fragment AnalyzerTM系统下基因组DNA分离结果(右),数字凝胶成像图(左),λDNA(F6);HindIII Marker(红色);完整DNA(D1和蓝色);降解DNA(B1和绿色)
图2:Fragment AnalyzerTM系统下DNA大片段分离(上)和定量(下)结果。定量结果显示,DNA大片段弥散范围主要在1000-10000bp,同时计算出各个样品的浓度(μg/μl),比例(% total),摩尔分数(nmole/L),平均片段长度(Avg.Size),变异系数(%CV)
图3:Fragment AnalyzerTM系统,lamda DNA/HindIII ladder以及1Kb DNA extension ladder的分离结果,高达40000bp的大片段亦可获得极好的分辨率。
图4:Fragment AnalyzerTM系统下基因组DNA分析结果,A1-C1为降解的基因组DNA,其平均片段长度<5kb,D1-F1为完整的基因组DNA,平均片段长度>9kb。
图5 左:沙门氏菌基因组基因组DNA数码凝胶图像-类似传统的平板凝胶图像。然而,图像是由能够同时分析12或96个样品的全自动毛细管电泳仪产生。 右:相同样品的凝胶电泳,上部曲线为完整的基因组DNA,往下依次为不同降解程度的基因组DNA电泳图谱。