数字PCR

利用三色数字PCR技术对NSCLC患者血浆中EGFR相关的39个突变进行检测

利用三色数字PCR技术对NSCLC患者血浆中EGFR相关的39个突变进行检测

非小细胞肺癌(NSCLC)

肺癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,已成为我国城市人口恶性肿瘤死亡原因的第一位。其中,非小细胞肺癌约占所有肺癌的80%,约75%的患者发现时已处于中晚期,5年生存率很低。

而非小细胞肺癌中最常见,且有针对性靶向药物的突变就是“表皮生长因子受体”(EGFR)突变。表皮生长因子受体EGFR基因位于第7号染色体短臂上,属于酪氨酸激酶受体。其中EGFR酪氨酸激酶区域的突变主要发生在18~21外显子(见下图)。因此能够尽早发现NSCLC患者EGFR突变情况,就可以针对性的进行相关治疗,减轻病人痛苦,延长生命周期。


数字PCR作为第三代PCR技术,凭借高灵敏度、高精准度,对抑制剂有较强耐受能力等优势正逐渐成为无创血浆检测-液体活检的可靠方法。然而,大多数情况下数字PCR的低通量和高成本等因素限制了其在临床检测方面的应用。

艾普拜生物(apexbio)的研发团队近日在知名杂志《British Journal of Cancer》(BJC)上发表了一篇题为Plasma-based early screening and monitoring of EGFR mutations in NSCLC patients by a 3-color digital PCR assay的文章。这篇文章通过高灵敏的数字PCR技术对NSCLC患者血浆中的EGFR水平进行突变检测,并可同时检测EGFR基因第18-21外显子的39个突变,极大提高临床EGFR突变检测能力,尤其是当待测样本有限时,该方法可从少量样本中获得更多基因信息。该杂志影响因子5.791。(详情请见文末)


研究背景:

使用数字PCR基于无创血浆的EGFR突变检测有望成为预测EGFR-TKI效率的快速、灵敏和可靠的方法。然而,数字PCR的低通量和高成本限制了其在临床方面的应用。

方法:

研究者设计了一种数字PCR方法,可以同时检测EGFR基因18-21号外显子的39个突变。为了进行更全面的评估,收集了30例NSCLC患者的回顾性FFPE组织和33例NSCLC患者的血浆进行分析。

结果:

使用Naica Crystal Digital PCR技术测得EGFR突变检测的LOD为0.308 copies/μL,与FFPE组织样本中的ARMS-PCR检测结果相比,33例患者血浆dEGFR39检测的准确度为87.88%(29/33,95%CI 72.67-95.18%)。在对33例患者进行监测时,dEGFR39评估的EGFR突变与治疗的客观反应相关。

此外,dEGFR39比SuperARMS PCR能更早预测TKI治疗后耐药的NSCLC患者的临床预后。用dEGFR39对8例患者的13例样本进行了鉴定,这些样本随时间推移具有T790M突变;对这13个样本同时进行SuperARMS检测,仅有9个(69%)被检出。采用Icotinib治疗368天后,在患者P-15的血浆中同时检测到L858R和T790M突变。然而,SuperARMS PCR未能检测到T790M突变,此外,直到121天CT结果才有明显的进展。同样,在患者P-25中,dEGFR39结果显示在TKI治疗251天后,19Del和T790M的突变丰度增加,比影像学进展提前43天。在患者P-23中,也出现了相似现象。综上所述, dEGFR39 检测T790M突变的发生要早于SuperARMS PCR和CT成像,这一点可在诊断和预后中发挥重要作用。